A História deste jogo mostra o que aconteceu depois de Sonic the Hedgehog 3 e Sonic & Knuckles. Sonic descobre que Eggman não morreu em Doomsday, e agora planeja uma nova vingança contra Sonic, só que desta vez ele decide enfrentar o vilão sozinho e pede para que Tails e Knuckles não interfiram, para o bem deles.