Depois de séculos de Mortal Kombat, o imperador Shao Kahn finalmente derrotou Raiden e seus aliados. Enfrentando sua própria destruição, Raiden tem uma única chance. Para desfazer a vitória do imperador, ele precisa atingir Shao Kahn onde ele é mais vulnerável, no passado.

Em Mortal Kombat Komplete Edition, mais quatro lutadores chegam para disputar o torneio: Skarlet, Rain, Kenshi e o assustador invasor de sonhos, Freddy Krueger.

O jogo ainda possui 15 Klassic Skins, uniformes clássicos para os personagens originais mais a série completa Mortal Kombat Legacy, exclusivamente para a edição brasileira do game.