O enredo é baseado na história de um norte-americano que sofre de amnésia. Ao acordar em uma praia com ferimentos na cabeça, as únicas pistas que possui sobre sua identidade são uma tatuagem com o algarismo romano XIII em seu ombro e a chave de um cofre do Banco Nacional, de Nova York. A missão do jogador é descobrir sua origem, livrar-se de assassinos que estão a sua procura e entender o motivo da perseguição.

Durante o jogo, surgem flashbacks, que permitem ao jogador entender detalhes da história e ter pistas de seu passado. Há o modo multiplayer, com mais de 20 níveis para explorar, e a tecnologia usada é a mesa do motor do game Unreal Tournament.

XIII é o primeiro shooter a apresentar gráficos e linhas semelhantes aos dos gibis em um jogo de ação. Com história envolvente, faz analogia à conspiração que levou ao assassinato de JFK.