Você está na pele de Vaan, um jovem aventureiro que deve ajudar a princesa de uma pequena terra assolada pela guerra entre duas nações maiores da proximidade. Damalsca, como ela é chamada, foi dominada por uma dessas nações, e você, juntamente à princesa, deve organizar um movimento de resistência. Ao longo do jogo há diversos elementos que remetem aos games anteriores da série; os summons tradicionais, por exemplo, agora emprestam seus nomes a aviões.